La Congregación de las Religiosas de San José, funda su casa Central en la localidad de San Jerónimo Norte en el año 1883.
En 1934, ven la necesidad de instalarse en la ciudad capital de la provincia, para contar con una casa de descanso cuando las múltiples actividades les exigieran trasladarse a Santa Fe. Contando con la aprobación y el beneplácito del entonces Arzobispo Mons. Nicolás Fasolino, inicia sus actividades la “Casa San José de Cultura y Beneficencia” para atender a niños y jóvenes del interior.
De sus innumerables actividades de extensión y servicio, surge la idea de abrir un jardín de infantes, como respuesta a una demanda de la sociedad que necesitaba contar con una educación cristiana para sus hijos desde temprana edad. Esto, se concreta en 1940.
El 18 de abril de ese año, comienza a funcionar con niños de entre 3 y 7 años, de ambos sexos, en doble turno y ofreciendo lo que hasta entonces era un avance significativo e importante para la época: el aprendizaje de un segundo idioma, inglés o francés, y la posibilidad de acceder a un transporte escolar de ser necesario.
Las hermanas, dándole continuidad a su propuesta, implementan los niveles inferiores de la enseñanza inicial y primaria hasta 4to. Grado, que eran incorporados fácilmente en el nivel siguiente en otros colegios.
El 19 de mayo de 1941 se bendice la iniciación de las actividades del Colegio San José de Varoncitos Nivel Primario, el cual atiende, como su nombre lo indica, sólo a varones. Desde entonces, esta denominación ha formado parte de la historia institucional y ha caracterizado el servicio que brinda.
Estos primeros servicios comenzaron a prestarse en la sede de la casa San José, en calle Gral. López 2742. A medida que fue creciendo en matrícula, se expandió hacia calle Buenos Aires, hoy Monseñor Zazpe, donde actualmente funciona.
En el año 1966,  la comunidad jesuítica decide dedicarse a la formación de los jóvenes de Nivel Medio, con lo cual el colegio San José de varoncitos asume la totalidad del Nivel Primario. La similitud de objetivos finales, sus Idearios Católicos, la pertenencia al mismo barrio, y el nivel socio-cultural, hizo que el pasaje de una a otra escuela, se diera en forma natural y así acrecentó la matrícula escolar.
Desde aquellos comienzos, cuando el colegio estaba atendido exclusivamente por las religiosas, abierto a las más diversas actividades culturales y de formación religiosa, ha estado muy unido a la Iglesia particular de Santa Fe, en la persona del Obispo y en la actitud de servicio a las necesidades de la comunidad santafesina.
Durante 21 años, las religiosas atendieron a los alumnos en la totalidad de las áreas y actividades. Es recién el 1º de marzo de 1962 cuando se incorporan los primeros laicos como docentes de áreas especiales: el Profesor Osvaldo Carlen como docente de Educación Física y la profesora Lidia Medina, como profesora de Música.
 En 1965 ingresan tres docentes laicos como maestros de grado. Paulatinamente, esta realidad fue incrementándose y el número de religiosas se fue reduciendo, quedando sólo en los cargos directivos. 
En el año 1987, la congregación decide retirarse del colegio, el cual pasa a depender del Arzobispado de Santa Fe de la Vera Cruz, según consta en el acta acuerdo firmada para tal efecto el 2 de febrero de 1988.
Analizando este hecho a través de la historia y, atendiendo a los orígenes del colegio, este traspaso no significó más que un cambio de conducción legal que es coherente con la estrecha relación que siempre se dio entre la Congregación de las Religiosas y las autoridades Arquidiocesanas: “Humanizar y personalizar al hombre para crear en él, el lugar donde pueda revelarse y ser escuchada la Buena Noticia.”
Por designación episcopal del Arzobispo de ese momento: Pbro. Edgardo G. Storni, el Pbro. Mario Grassi, quien, además ocupaba el cargo de Vicario Episcopal para la Educación Católica Arquidiocesana, asumió como Representante Legal, y los cargos directivos se cubrieron con personal del colegio en ejercicio de sus funciones: Élida Pioli de Pincirolli fue la primera directora laica; Vilma Baccega, como Vicedirectora del Turno Mañana y Marta Aller de Morello, como Vicedirectora del Turno Tarde.
En esta nueva etapa, el Colegio, continuó un servicio importante en cuanto a educación se refiere. En 1990 se iniciaron las clases de natación en el Club Gimnasia y Esgrima. En 1991, el nivel inicial, abre una sala de 4 años dentro del turno mañana y dos años más tarde, en el turno tarde. A esto se le suman a partir de 1997, la incorporación de una sala para niños de 3 años.
El crecimiento institucional, se puso también de manifiesto, con la apertura de dos aulas radiales en el Distrito Alto Verde (una sala de 5 años y 1er. Ciclo de la Educación General Básica). Estas aulas, años más tarde logran su independización (hoy E.P.I. Nº 1439 “Jesús Resucitado”).
La apertura de otras instituciones educativas en el barrio de la escuela, así como también la presencia de entes gubernamentales en los que se desarrollan tareas matutinas, repercutieron negativamente en la matrícula del Colegio por la tarde, por lo que se toma la decisión de cerrar dicho turno y en esa franja horaria comienzan a brindarse Talleres optativos para los alumnos.
En el año 1991, luego de una exhaustiva evaluación de la situación, del planteo de parte de las familias del alumnado y de la comunidad en general y la necesidad de dar continuidad a la enseñanza en el siguiente nivel de escolaridad, se inaugura el nivel secundario, con dos aulas para 1er. Año, que dos años más tarde, fueron trasladadas a otro edificio escolar. Paralelamente, en el turno de la noche en el mismo edificio comienza a funcionar el Profesorado para Nivel Primario Nº 4.031 “Fray Francisco de Paula Castañeda” que años más tarde, se traslada al edificio del Colegio Secundario.
En 2010, como preparación al 70 aniversario del colegio, se incorpora un lema identificatorio para la institución: “CON SAN JOSÉ, SERVIMOS A LA IGLESIA Y A LA PATRIA”.
También incorpora la oración común que reza el alumnado a nuestro patrono San José, unificando criterios para su elaboración.
Durante el año 2012, se realizan encuestas y encuentros con la comunidad (padres y docentes) donde se trata la enseñanza y el aprendizaje de mujeres y varones fundamentados en los avances de las neurociencias. Luego de esta instancia de capacitación se concluye en la necesidad de educar para el mundo de hoy, sin diferenciar a hombres y mujeres en derechos, deberes y dignidad, pero reconociendo diferentes formas de sentir, aprender y enfrentar la vida, donde ambos conviven.
 En 2013, luego del minucioso análisis arriba enunciado y adecuando el servicio educativo a las crecientes demandas de la sociedad en general: Si, “educar es preparar a la persona para las vicisitudes de la vida” en la vida en sociedad convivimos y habitamos los diferentes espacios: hombres y mujeres por lo que se decide habilitar la educación mixta en el Nivel Inicial. La demanda superó ampliamente las expectativas por lo que se decide abrir una sala más de 3 años de la Educación Inicial.
Entonces, a partir del ciclo lectivo 2013, la EPI Nº 1100 “San José” cuenta con dos divisiones en cada año de escolaridad en ambos niveles: Inicial y Primario.
En 2017, la Educación Inicial, obtiene su independización administrativa – pedagógica: ahora pasa a denominarse Jardín de Infantes Nº 1501 “San José”. Sin embargo y por diferentes circunstancias, sigue compartiendo el edificio escolar original.
En estos últimos años se observa un trabajo más articulado entre los tres niveles concretizándose en criterios similares (adecuados a las edades de los estudiantes) de todo el complejo educativo fundamentado en el “Proyecto de Articulación Interniveles”.